A HHM szennyvíz-kibocsátása jelentős környezeti tényezőnek tekinthető, hiszen a vízlágyításhoz szükséges ioncserélő-gyanta regenerálásához sósavat és nátrium-hidroxidot kell használni. Ezáltal a létesítmény szennyvize viszonylag magas sótartalmú. Ugyanakkor fontos megjegyezni, hogy a HHM szennyvizének minősége valamennyi vizsgált paraméter tekintetében teljesíti a hatályos rendelet által előírt határértékeket. A múltban előfordult, hogy a hulladékégető technológiai szennyvizében egyes szennyezőanyagok koncentrációja, illetve egyes jellemzők (pl. összes só-koncentráció, pH) határértéket meghaladó szintet értek el. Lényeges javulást eredményezett a HHM egyik korábbi beruházása, a zárt hűtőrendszerű salakkihordó kiépítése, amelynek eredményeképpen e problémák megszűntek.

A szennyvizeket a HHM víz-vegyi üzeme hetente vizsgálja. A technológiai és a kommunális szennyvíz ellenőrzését – a Hatóság és a Fővárosi Csatornázási Művek mellett – az FKF Zrt. akkreditált környezetvédelmi laboratóriuma is folyamatosan „önkontroll terv” szerint végzi. A 2006-2009. közötti időszakban elvégzett vizsgálatok során egyetlen egyszer sem talált a laboratórium a határértékeknek meg nem felelő mintát. Minden saját és külső mérés szerint folyamatosan megfelelő a kibocsátott – technológiai és kommunális – szennyvizek minősége.

2009 májusában beüzemelésre került a kibocsátott szennyvíz mérésére és elszámolására alkalmas mérőberendezés, így ekkortól a szennyvíz-mennyiség adatai tényadatként kezelhetők, a 3. ábrán szereplő korábbi adatok becslésen alapulnak. Ezzel párhuzamosan befejeződtek a vízelőkészítés folyamat szabályozásának modernizációját szolgáló munkálatok. Ennek köszönhetően a dolgozók számítógépes folyamatábrákon kísérhetik figyelemmel a technológiai lépéseket, melyek jelentős része automatizálva lett. A környezetterhelés csökkentése érdekében a vízfelhasználás hatékonyságát is sikerült javítani. A vízelőkészítés első lépéséből származó mosóvíz – ami eddig a csapadékcsatornán keresztül volt elvezetve – visszaforgatásra került a füstgáztisztító rendszerbe. Ezzel éves szinten kb. 10.000 m3 vizet lehet megtakarítani.